抵押权证的办理部门主要取决于抵押物的类型：
房屋抵押 ：房屋抵押登记应当在当地房地产管理部门办理。需要携带的资料包括抵押登记表、房屋所有权证、抵押合同、贷款合同、身份证、评估报告等，并且办理抵押登记还需要审核，因此并不是当天提交申请，当天就能出结果。
土地使用权抵押
无地上定着物的土地使用权抵押在核发土地使用权证书的土地管理部门办理。
有地上定着物的土地使用权抵押由发放土地使用权证书的土地管理机构办理。
其他财产抵押
以企业设备和其他动产抵押的，为在财产所在地的工商行政管理部门办理。
其他财产的登记部门为抵押人所在地的公证部门。
特定财产抵押
以航空器、船舶、车辆抵押的，为运输工具的登记部门。
以森林资源抵押的，为县级以上林木主管部门办理。
综上所述，抵押权证的办理部门根据抵押物的类型有所不同，具体如下：
房屋抵押：当地房地产管理部门。
土地使用权抵押：
无地上定着物的土地使用权：核发土地使用权证书的土地管理部门。
有地上定着物的土地使用权：发放土地使用权证书的土地管理机构。
其他财产抵押：
企业设备和其他动产：财产所在地的工商行政管理部门。
其他财产：抵押人所在地的公证部门。
特定财产抵押：
航空器、船舶、车辆：运输工具的登记部门。
森林资源：县级以上林木主管部门。