房屋中介公司最怕的部门主要是 房地产交易监管部门，例如国家和地方的住建委、市场监管局等。这些部门负责对房地产市场进行监督管理，保障消费者权益，打击违法行为。房产中介如果存在不当行为或违规操作，可能会被相关部门查处并受到相应处罚，如未经许可从事房地产经纪业务、发布虚假信息、收取高额服务费用等。
此外，房产中介还怕市场监督管理部门，因为该部门有权对房产中介进行监管和处罚，能够制止和打击不法行为，让房产市场更加公平有序。如果出现违规操作，房产中介可能面临罚款、停业整顿等严重后果。市场监督管理部门还有权利接受消费者的投诉，保障消费者的合法权益。
房产中介也怕客户逃避交易，即客户悄悄避开中介直接找卖家，这样中介辛苦介绍的生意就泡汤了。因此，保持诚信和透明度，对客户和卖家都至关重要。
综上所述，房产中介公司最怕的部门是房地产交易监管部门，因为这些部门具有对房产中介进行管理和监督的法定职责，能够有效打击违规行为并保护消费者权益。