补办土地确权证书的流程如下：
提交申请
向当地农村土地管理部门提交土地确权申请，填写申请表和其他相关材料。
审核材料
农村土地管理部门对提交的土地所有权证、土地承包经营权证、农户身份证明等材料进行审核。
实地勘测
对申请土地的位置、面积、界址等进行实地勘测，确保信息准确性。
公示期
在规定时间内对土地确权申请进行公示，以便其他相关方提出异议。
确定权属和界址
根据实地勘测和审核结果，确定土地权属和界址，并进行登记。
补办确权证
通知申请人到当地土地登记中心补办土地确权证。
若土地确权证丢失，补办流程如下：
公告遗失
对遗失或丢失的确权证进行公告，声明其法律效力失效。