工程资质应当在建设行政主管部门进行办理。具体流程如下：
提出申请
办理资质的企业需以法人名义向企业注册所在地的区县建设行政主管部门提出书面申请。
区县建设行政主管部门同意后，上报地、州、市建设局，地、州、市建设行政部门审查合格并签署意见，报厅建筑管理处。
网上申报
可以通过登录住建部“建设工程企业资质网上申报审批”系统进行网上申报。
在系统中下载安装“建设工程企业资质申报软件”，按照软件提示开始申报，填报完成后，系统会自动生成带条形码的企业资质申请表，企业需加盖公章后，向企业工商注册所在地的住建部门递交申请表及相关材料。
审核阶段
建设厅或市住房和城乡部门会对申请企业的材料进行审核，主要审查企业人员、企业资产、工程业绩是否符合资质标准。
领证阶段
企业在资质核准后，需到市工程科办理建造师注册手续。
领取资质证书。
建议
提前准备：企业应提前准备好所有必要的材料，确保材料的真实性和完整性。
咨询专业机构：可以考虑咨询专业的资质代理或资质升级公司，以加快办理进度并确保一次性通过审核。
关注政策变化：建设行政主管部门可能会不定期更新资质办理的政策和流程，企业应及时关注相关信息以保持合规。
通过以上步骤，企业可以顺利完成工程资质的办理。