农业合作社进行零申报，需要遵循以下步骤：
1. 登录国税网上纳税申报系统，输入纳税人识别号和密码，进入纳税主界面。
2. 点击报税，并填写纳税人信息采集表，主要填写填表人和联系手机，以方便接收税务机关短信。
3. 在进行增值税小规模纳税人申报时，需要先删除两个报表：应税服务扣除项目清单和增值税纳税申报表附列资料。删除这两个报表的目的是为了确保在申报时不会发生错误，因为如果不删除这两张报表就会报错，不能正常申报。删除方法很简单，点击鼠标右键点删除即可。
4. 按顺序填写税额抵减情况表、申报表主表辅助填报工具和增值税纳税申报表，注意一定要按顺序填写，否则系统会有错误提示。具体的填写方法是直接补零保存即可。
5. 填写营改增试点企业税负变化表，也是直接补零保存即可。
6. 填写代征地税申报表，注意点选黄色方框内的税率，城区和郊区税率是不一样的。此表是2015年新增的报表，主要目的是为了减轻纳税人负担，实行“一税两费”。
7. 最后，在每张申报表上点击保存，最后上传，提示申报成功即可。
需要注意的是，零申报并不意味着不需要进行任何税务申报。即使没有收入，合作社也需要按照法律规定，向税务机关办理零申报手续，并注明当期无应税事项。此外，某些特定税种，如个人所得税、印花税等，即使没有收入，也需要填写相应的申报表，并在表中注明实际情况。